购房合同上写的层高是2.9米，是否合理？

不合理。依据《住宅设计规范》，普通住宅层高应为2.80m，实测最低层高2.69米未达标。层高不足可能影响居住舒适度及房屋价值，严重时不符合建筑规范，可能面临违约责任。
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法律上，常见处理方式为要求开发商整改或赔偿。若层高差距较大，影响居住，可要求整改至符合标准；若差距较小，可协商赔偿事宜，如减免部分物业费等。选择方式需根据层高差距及实际影响决定。
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不合理。具体操作：1.若差距大，先与开发商协商整改；2.协商无果，可请专业机构检测并出具报告；3.根据报告结果，要求开发商按《住宅设计规范》整改；4.若开发商拒绝，可通过法律途径维权。